Прошло около трёх лет, после инцидента с Саскэ. Младший Утиха выбрал путь, по которому его собирается вести Оротимару, его нынешний учитель. Наруто никак не успокоится, он старается сдержать своё слово перед Сакурой, и возвратить Саскэ, но всё что он делает, в конечном счете, равняется нулю. Команда номер 7, после возвращения Наруто в деревню, переформировувается в команду Какаши, состоящую из трёх человек: Какаши, в качестве капитана, Наруто и Сакура.
Коноха, после заключения мирного договора с Суной, укрепила свои позиции, восстановилась после нападения Оротимару, и вроде бы ничего не предвещает угрозы. Хлопот у Пятой Хокагэ хватает, не смотря на благоприятную обстановку в селении, она не убавляет обороты своей плодотворной работы, и пытается поддержать баланс мира в деревне. Сабаку но Гара становится новым Казекаге, но не все этому рады. В деревни абсолютный беспорядок, преступность превышает норму, и поэтому, молодой Казекаге, берется за дело, и не исключение, что в этом ему будет помогать Коноха – сотрудник Суны. В это время, тайная организация под названием «Акатсуки», проявляет активность в своей тёмной деятельности, что крайне настораживает Пять Великих Селения Шиноби. Свой ход действий, Пэйн менять не собирается, план остаётся прежним: укрепление организации и захват демонов. Вот только после провала лучшей группы нукэнинов, состоящей из Итати и Кисамэ, Лидер решает созвать собрание. Организация выбивается из колии, дела начинают идти не так хорошо, как в посленее время, а всё из-за неудачи с Девятихвостым. 
Оротимару тоже не теряет время даром, подвергаясь опасности со всех сторон, Змеиный Санин готовит план по разрушению всех проблем одним взмахом руки. С одной стороны нужно уничтожить Коноху, которая не забыла нападение Ото и Суны, а с другой стороны расположились «Акатсуки», жаждущие убить Ороти, а умирать змей не собирается.
Саске, в свою очередь, не видит смысла находится под опекой Оротимару, он видит, что большего ему от Санина уже не научиться, посему Учиха намеревается вскоре покинуть его и отомстить своему брату.Саске убивает Орочимару и тот вселяется в него , после чего Саске создал команду Ястреб в ней были Суйгетсу , Карин и Дзюго они ишли на поиск Итачи но на их пути попадается Кисаме и позваляет пройти только Саске , а Суйгетсу начел сражатся с Кисаме за Самехаду Саске Дерется с Итачи и побеждает его , Саске получает Мангекё Шаринган , а вместей с ним Аматерасу , Тсукуёми и Сусано. За боем следил Тоби (Учиха Мадара) и Зетсу , Саске когда убил Итачи упал на землю и был без сознания Тоби подобрал его и унес в пещеру там Саске согрелся и проснулся , и Мадара расказал ему всю Правду о Итачи , Саске об этом сажелел. Ястреб присойденился к Акацки. Ястреб отправлялся за Восьмихвостога Хачиби , а Акацки за Девятихвостым , а дальше узнаем когда сиграем. Мадара воскрешает всех из Акацуки и теряет всю чакру , он лёг на дно.